Fakultas yang sudah dipunyai oleh UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta saat ini adalah :
- Fakultas Adab dan Ilmu Budaya
- Fakultas Dakwah dan Komunikasi
- Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan
- Fakultas Syariah dan Hukum
- Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Hukum
- Fakultas Sains dan Teknologi
- Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora
- Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam
- Pascasarjana
