Fakultas yang sudah dipunyai oleh UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta saat ini adalah :
Fakultas Adab dan Ilmu Budaya
Fakultas Dakwah dan Komunikasi
Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan
Fakultas Syariah dan Hukum
Fakultas Ushuluddin dan Pemikiran Hukum
Fakultas Sains dan Teknologi
Fakultas Ilmu Sosial dan Humaniora
Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam
Pascasarjan...
